在植物生理生態方面的研究，經由探討植物和環境及其他生物間的交互作用，希望了解植物適應不同環境的生理機制，並進一步探討影響台灣植物分布的環境和生物因子。我們(1)比較生長在不同海拔高度的芒草族群其光合作用特性和生長溫度的關係，並探討高山芒適應低溫的機制；(2) 研究野生大豆光合作用特性和水分生理，以及影響其在台灣分布的環境因子；(3) 探討影響竹圍矮生水筆仔生長的因素，並嘗試了解影響台灣紅樹林樹種分布的因子；(4) 嘗試了解水陸兩棲植物如何適應其劇烈的環境變化。

在生態系機能研究方面，則結合傳統方法和穩定性同位素技術，探討植物在生態系能量、碳通量和氮循環所扮演的角色。我們測量並收集台灣不同生態系﹙包括草原、森林、農業用地﹚土壤所釋放出之二氧化碳，並同時監測土壤溫度和溼度的變化，分析土壤碳、氮含量；以及收集掉落物。目的在：(1)估算生態系全年之土壤呼吸作用率；(2)探討影響不同生態系土壤呼吸作用的主要因子﹔(3)估算森林生態系每年經由光合作用所合成之碳有多少會分配到地下根部。長期目標在modeling不同生態系土壤呼吸作用率，以期能評估氣候變遷對台灣生態系土壤呼吸作用和地下根部生物量可能產生的影響。我們也和其他研究室合作使用傳統方法和穩定性同位素技術探討魚類食物來源，生態系能階關係，以及污染源對生物的影響。

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