生態學與演化生物學是生物多樣性維護與永續利用的重要基礎，本所為因應生物多樣性研究之國內外趨勢與需求而於2003年正式成立。以 臺灣大學堅強的師資陣容與專業素養為基石，結合寬廣多樣的研究領域與高度的教學熱忱，將提供學生最佳的理論與實務訓練，以期望其未來能在國內外相關領域扮演重要的角色。

1. 教育目標
(1) 培養生態學與演化生物學之研究人才
(2) 訓練解決生態問題與探索人類環境演化趨勢的能力
本所教育目標可兼顧學術理論之探討及實務應用，以符合時代潮流及社會所需。本所的課程及研究內容涵蓋小至分子演化，大至生態系統，舉凡基因遺傳變異、演化發育學、個體行為與生態、族群、群聚、水域和陸域生態系、古生態、地景生態、自然保育、生物地理、生物多樣性、長期生態、系統分類等領域均有所涉獵，竭誠歡迎有興趣的同學共同參與。

2. 核心能力
(1) 專業知識能力
(2) 掌握相關學門趨勢能力
(3) 獨立思考與研究能力
(4) 表達能力
(5) 解決問題能力

3. 特色
本所的研究重點區分為生態學及演化生物學兩方面。其中生態學的主要內容在於探討生物與環境間及生物與生物間之交互作用，以及這些交互作用如何影響到物種的分布與數量、族群動態、群聚組成的多樣性與穩定度、以及生態系與地景的結構與功能。演化生物學則探討生物長時間的變遷，包括物種的分化與演變、生物類群的親緣關係、以及生物地理學等。生物指標則利用孢粉和藻類，探討過去之環境變遷、水污染和水資源等問題。這些研究重點不僅對於瞭解生命現象之組成與運作十分重要，更與解決人類目前及未來所面對的環境問題息息相關。探索自然變化與人類活動對生物多樣性所造成的改變，並針對這些變化提出適當的因應策略等均為本所面對的重要研究課題。

4. 發展方向
在兼顧本土性、專業性、整合性及國際觀的前提之下均衡發展，由於生態學及生物多樣性涵蓋面極廣，因此本所強調：(1) 整合性的規劃，維持堅強的師資陣容以及提供前瞻性的課程設計；(2) 課程及研究符合世界潮流及社會需求，兼顧學術理論之探討與實務應用之研究。