(A) 期刊論文

1. Ding T.S., P.F. Lee and Y.S. Lin, 1997. Abundance and distribution of birds in four, high elevation plant communities in Yushan National Park, Taiwan. Acta Zoologica Taiwanica, 8(1): 55-64.

2. Hsu, M.J. and Y.S. Lin, 1997. Breeding ecology of Styan bulbul Pycnonotus taivanus in Taiwan. IBIS 139(3): 518-522.(SCI)

3. Jiang, L., W.L. Wu and Y.S. Lin, 1997. Efficient methods for isolating mitochondrial DNA from fresh or fixed mulluscan specimens. Zoological Studies, 36(1): 74-78.(SCI)

4. Tsao, E.H., Y.S. Lin, R.J. Behnke and E.P. Bergersen, 1998. Microhabitat use by Formosan landlocked salmon, Oncorhynchus masou formosanus. Zoological Studies, 37(4): 269-281.(SCI)

5. Kam, Y.C., C.F. Lin, and Y.S. Lin, 1998. Density effects of oophagous tadpoles of Chirxalus eiffingerl (Anura: Rhacophoridae): importance of material brood care.  Herpetologia.54(4):425-433.  (SCI)

6. Chu, J. H., H. Y. Wu, Y. J. Yang, O. Takenaka and Y. S. Lin. 1998. Polymorphic microsatellite loci and low invasive DNA sampling in Macaca cyclopis. Primates.40(4):573-580（SCI）

7. Yu, H.T. and Y.S. Lin. 1999 . Age, reproduction and demopraphy of  the spiny rat(Muridae: Niviviter coxingi) in subtropical cntral Taiwan. Zoological studies: 38(2):153-163. (SCI)

8. Chang, M.H, Y.S.Lin and L.C.Chaung. 1999 Effect of dams on fish assemblages of the Tachia river, Taiwan. Acta zoologicata taiwanica 10(2):77-90

9. Hsu,F.H, F,J.Lin abd ,Y. S. Lin.2000 Hylogeographic Variation in Mitochondrial DNA of Formosan white-bellied Rat Niviventer culturatus.  Zoological studies.39(1)33-46. （SCI）

10. Hsu,F.H, F,J.Lin abd ,Y. S. Lin. Hylogeographic  Structure  in Mitochondrial DNA of Formosan  Wood Mouse  Apodemus senmotus Thomas Zoological studies.40(2):91-102. （SCI）

11. 張士晃,李培芬,林曜松.1998.福山試驗林哈盆溪臺灣鏟頷魚(Varicorhinus barbatulus)之生殖.博物館年刊41:53-69.(NSC 87-2602-B-002-011-A10)

12. Chu, J.H., Y.S.Lin and H.Y.Wu .2001. Mutochondrial DNA diversity in the Taiwanese macaque (macaca  cyclopis) . Molecular Ecology (submitted) （SCI）

13. Chu, J.H., H.Y.Wu and Y.S.Lin .2001. Kinship and dominance vs social behavior of female Macaca cyclopsis in Chai-shan under environmental stress. Presented at International Primate  Symposium.2001

14. Chen,Y.H, Y.J.Su, Y.S.Lin and Y.C.Kam. 2001.inter-and intraclutch competition among oophagous tadpoles of the taiwanese tree frog, chirixalus eiffingeri (anura: rhacophoridae). Herpetological:57(4):438-448.（SCI）

15. T.-C. Chen, Y.-C. Kam, and Y.-S. Lin 2001.Thermal physiology and reproductive phenology of  Buergeria  japonica (Rhacophoridae) breeding in a stream and a geothermal hotspring in Taiwan. Zoological science 18:591-596.（SCI）

16. Y.C.kam, Y.J.Su,J.L.Lu and Y.S.Lin  2001 Intraspecific interactions among oophagous tadpoles( Chirixalus eiffingeri: Rhacophoridae) living in bamboo stumps in Taiwan. J.Zool.lond.（SCI）

17. 蔡雯怡,劉奇璋,林曜松,陳俊宏.2001.福山地區哈盆溪與水生植物池粗糙沼蝦   (Marcrobrachium asperulum)生殖策略之比較. 生物科學44:18-33.(NSC88-2621-B002-011-A10)

18. 劉怡里,楊懿如,林曜松. 2001.以RAPD方法分析台北樹蛙之族群遺傳結構. 生物科學44:66-77.(NSC88-2311-B002-041)

19. S.J. Lai, Y.C. Kam and Y.S. Lin 2003 Elevational Variation in Reproductive and Life History Traits of Sauter's Frog Rana sauteri Boulenger, 1909 in Taiwan. 42(1): 193-202.（SCI）

20. Y.L. Hsieh, Y.S. Lin and I.M. Tso 2003 Ground spider diversity in the Kenting uplifted coral reef forest, Taiwan: a comparison between habitats receiving various disturbances. Biodiversity and Conservation 12: 2173-2194.（SCI）

21. Y. Hsu, L. L.Severinghaus, Y.-S Lin. 2003 Isolation and characterization of microsatellite DNA markers from the Lanyu scops owl (Otus elegans botelensis).Molecular Ecology Notes.3: 595-597. .（SCI）

22. Huang, K.Y, Y. S. Lin, and L. L. Severinghaus. The Diet of Besra Sparrowhawk (Accipiter virgatus) in Yangmingshan Area, Northern Taiwan 2004. Taiwania. 49(3):149-158.

23. Chuang, L.C,S.H. Liang and Y.S.Lin. 2004. Habitat Use of Two Benthic Fishes,Crossostoma lacustre and Rhinogobius candidianus, in the Hapen Creek of Northern Taiwan Taiwania. 49(3):166-174.

24. Ding T.S , H.W. Yuan, S. Geng,Y. S Lin,and P.F Lee 2005. Energy Flux, Body size, and Density in Relation to Bird Species Richness along an Elevational Gradient in Taiwan. Global Ecology and Biogeography (SCI)

25. Chu J.H, Y.S. Lin and H.Y. Wu. 2005. Mitochondrial DNA diversity in two population of Taiwanese Macaque ( Macaca cyclopis). Conservation Genetics 6: 101-191(SCI).

26. Hsu, Y.C, S.H. Li, Y.S. Lin, M.T. Philippart and L.L. Severinghaus 2005. Microsatellite loci from Lanyu Scops Owl (Otus elegans botelensis) and their cross-species application in four species of strigidae. Conservation Genetics 6: 101-109. (SCI).

27. Hsu, Y.C, S.H. Li, Y.S. Lin, M.T. Philippart and L.L. Severinghaus 2006. High frequency of extra-pair copulation with low level of extra-pair fertilization in the Lanyu Scops Owl Otus elegans botelensis. Journal of Avian Biology 37 (in press). (SCI)

28. Chien, J.T., Shen, S.T., Lin, Y.S., Yu, J.Y.L. (2005) Molecular cloning of the cDNAs encoding follicle-stimulating hormone beta subunit of the Chinese soft-shell turtle Pelodiscus sinensis, and its gene expression. Gen. Comp. Endocrinol. 141(2):190-200.

29. Chien J.T., Chowdhury I, Lin Y.S., Liao, C.F., Shen, S.T., Yu J Y.L. (2005) Molecular cloning and sequence analysis of a cDNA encoding pituitary thyroid stimulating hormone beta subunit of the mud turtle Pelodiscus sinensis and regulation of its gene expression. Gen. Comp. Endocrinol. (In press)

30. Huang, K.Y, Y. S. Lin, and L. L. Severinghaus. 2006. Comparison of three Common Methods for studying the dets of nesting in two Accipter species. Zoological studies: 45(2):G

31. Chung.L.C.,Y.S.Lin and S.H.Liang. 2006. Ecomorphological comparison and habitat preference of cyprinid fishes, Varicorhinus barbatulus and Candidia barbatus, in Happen Creek of Northern Taiwan. Zoological studies:.45(1):114-123.(SCI)

32. Chu J.H, H.Y. Wu. and Y.S. Lin. 2006. Applicability of non-invasive sampling in population genetics study of Taiwanese macaques (Macaca cyclopis). Tawania ( in press)

33. Chu J.H, H.Y. Wu. and Y.S. Lin. 2006. Evolution and dispersal of three closely related macaque species, Macaca mulatta, M. Cyclops, and M. fuscata, in eastern Asia. Molecular Phylogenetics and Evolution (accepted) (SCI)

34. Chu J.H, Y.J.Taso, Y.J. Chuang. H.C.Chen,Y.S. Lin, H.Y.Wu. 2006 Analyzing genetic pattern of an exotic rodent species( Rattus exulans) in Taiwan. Endemic Species Research (in press).(in Chinese with English abstract)

（B）研討會論文

1. Chuang, L.C., S.H. Liang and Y.S. Lin, 1997. Community ecology of freshwater fish in HappenCreek-patterns of habitat use by freshwater fish. 1997 International long-term ecological research and biodiversity studies conference. Taipei, Taiwan. NSC86-2621B002003A-07

2. Chang, M.H., L.C. Chuang and Y.S. Lin, 1997. Fragmented fish community structure in tributaries of Tachai River, Taiwan: an effect of serial dams or nature of adventurous stream?  Amer. Fish. Soc. 127th annual meeting. Monterey, California.

3. Chao,lJ.T. and Y.S.Lin 2000 Biodiversity conservation in Taiwan. Proceeding  agriculture  of the newcentury: managing bio-resources and biodiversity, (Wu,W.S: S.T. Chang and B.T. Guan eds) College of Agriculture NTU. 87-96.

4. Tsao, H. S. and Y.S.Lin 2000 Endangered salmon conservation and freshwater fish studies in Taiwan. Proceeding  agriculture  of the new century: managing bio-resources and biodiversity, (Wu,W.S: S.T.  Chang and B.T. Guan eds) College of Agriculture NTU. 97-104

（C）專書及專書論文

1. 林曜松、梁世雄合編，1996，淡水魚資源調查手冊，行政院農業委員會，台北市，181頁。

2. 林曜松編，1997，國家公園經營管理與永續發展研討會論文集，內政部營建署委託，中華 園學會主辦，台北市，129頁。

3. 林曜松編，1997，野生動物保育教育與經營管理研討會論文集，行政院農業委員會委託中華民國國家公園學會主辦，台北市，278頁。

4. 林曜松編，1998，生物多樣性前瞻研討會論文集，行政院農業委員會委託，中華民國環境溪流協會執行，140頁。

5. 林曜松編，1999,  1999 生物多樣性研討會論文集，農業委員會委託，環境溪流協會執行，430頁

6. 林曜松編， 1999，生物多樣性保育訓練論文集，內政部營建署，329頁。

7. 林曜松編，1999,  生物多樣性研究規劃研討會資料集。國科會委託。108頁。

8. 林曜松﹒ 1998﹒ 維護生物多樣性與促進資源永續利用﹒收錄於“生物多樣性前瞻研討會論文集“14-23頁農委會編印﹒

9. 林曜松﹒ 1998﹒ 我國生物多樣性保育的現況與發展﹒收錄於“生物多樣   性前瞻研討會論文集“24-33頁﹒﹒農委會編印﹒

10. 林曜松﹒ 1999﹒ 生物多樣性保育之省思﹒環境教育月刊﹒ （38）：1-6頁﹒

11. 林曜松﹒ 1999﹒ 生物多樣性公約對我國生物科技的發展的衝擊﹒農政與農情﹒ 80期﹐44-46頁﹒

12. 林曜松﹒ 1999﹒ 整合跨學門的生物多樣性研究﹒科學月刊﹒ 354期 452-458頁﹒

13. 林曜松1999生物多樣性公約（一）保育國際化﹒大自然﹒65期 92-97頁﹒

14. 林曜松﹒ 2000 ﹒生物多樣性公約（二）由國外經驗談國家報告之參與面﹒大自然66期 110-117頁﹒

15. 林曜松﹒ 2000 生物多樣性公約（三）保育的能力再加強﹒大自然﹒67期 112-119頁

16. 林曜松﹒ 2000 ﹒生物多樣性公約（四）查明與監測兼論長期生態研究﹒大自然﹒68期 106-112頁﹒

17. 林曜松﹒ 2000﹒ 生物多樣性公約（五）保護區﹒ 大自然 69期:110-115

18. 林曜松﹒ 2000﹒ 環境與保育—生物多樣性保育﹒收錄於“台大對新世紀新政府的期許“論文集﹒ 60-69頁﹒台灣大學 編印﹒

19. 林曜松﹒ 2000﹒ 台灣生物多樣性研究發展﹒海峽兩岸生物多樣性學術研討會論文集科博館﹒

20. 林曜松﹒ 2001﹒ 生物多樣性公約（六）﹒生物多樣性保育與保育改革﹒大自然70期 110-116.

21. 林曜松﹒ 2001﹒ 生物多樣性公約（七）永續利用﹒ 大自然 71期:

22. 林曜松､劉小如､黃生 ､呂光洋､金恆鑣､邵廣昭､趙榮台､徐源泰﹒ 2001﹒ 生物多樣性研究之規劃﹒170頁﹒

23. 林曜松    國家公園生物多樣性研討會論文集

（D）技術報告及其他

1. 曹先紹、林曜松、莊鈴川，1996，烏來鄉溪流劃定生態保護野生動物保護區規劃研究 51頁。

2. 莊鈴川、林曜松、曹先紹，1996，烏來鄉溪流魚類資源之調查研究，59頁。

3. 吳海音、林曜松，1997，太魯閣國家公園聚落附近野生動物族群之經營管理，60頁。

4. 林曜松、莊鈴川，1998，鳳山溪河川生態調查研究，58頁。

5. 林曜松、楊懿如、劉奇璋、莊鈴川、謝伯娟、黃永慶，1999，和平溪河川生態調查研究，．29頁。

6. 林曜松、謝伯娟，1999，陽明山國家公園棄養動物與外來種生物對環境影響之研究，93頁。

7. 林曜松、蘇霩靄、莊鈴川、賴建盛、張明雄、黃永慶、劉奇璋、謝伯娟、蔡雯怡、吳書平、劉怡里，1999，立霧溪人工壩體對水域生態影響之研究，，56頁。

8.  林曜松、劉奇璋、莊鈴川，2000，宜蘭河河川生態調查研究， 31頁。

9.  林曜松、謝伯娟、劉奇璋、黃永慶、陳淑梅、謝玉龍、楊育昌、周怡嘉，2000，陽明山國家公園磺嘴山生態保護區動物相調查研究，63頁